6 . 쉘 스크립트
마침내 쉘을 그토록 강력한 프로그래밍 환경으로 탈바꾼할 준비가 되었다. 자주 반복적으로 사용되는 명령어들을 파일에 저장시키고 나서, 단 하나의 명령어를 타이핑함으써 나중에 이 모든 연산 작업작업을 다시 재실행할 수 있다. 역사적 이유로 파일에 저장된 명령어 꾸러미를 통상 쉘 스크립트(shell script)라고 부르지만, 실수로 그렇게 부르는 것은 아니다: 실제로 작은 프로그램이다.
molecules/ 디렉토리로 돌아가서 middle.sh 파일에 다음 행을 추가하게 되면 쉘스크립트가 된다:
$ cd molecules
$ nano middle.shnano middle.sh 명령어는 middle.sh 파일을 텍스트 편집기 “nano”로 열게 한다.
(편집기 프로그램은 쉘 내부에서 실행된다.)
middle.sh 파일이 존재하지 않는 경우, middle.sh 파일을 생성시킨다.
텍스트 편집기를 사용해서 직접 파일을 편집한다 – 단순히 다음 행을 삽입시킨다:
head -n 15 octane.pdb | tail -n 5앞서 작성한 파이프에 변형이다: octane.pdb 파일에서 11-15 행을 선택한다.
기억할 것은 명령어로서 실행하지 않고: 명령어를 파일에 적어 넣는다는 것이다.
그리고 나서 나노 편집기에서 Ctrl-O를 눌러 파일을 저장하고,
나노 편집기에서 Ctrl-X를 눌러 텍스트 편집기를 빠져나온다.
molecules 디렉토리에 middle.sh 파일이 포함되어 있는지 확인한다.
Once we have saved the file,
we can ask the shell to execute the commands it contains.
Our shell is called bash, so we run the following command:
파일을 저장하면, 쉘로 하여금 파일에 담긴 명령어를 실행하도록 한다.
지금 쉘은 bash라서, 다음과 같이 다음 명령어를 실행시킨다:
$ bash middle.sh
ATOM 9 H 1 -4.502 0.681 0.785 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 -5.254 -0.243 -0.537 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -4.357 1.252 -0.895 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -3.009 -0.741 -1.467 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -3.172 -1.337 0.206 1.00 0.00아니나 다를까, 스크립트의 출력은 정확하게 파이프라인을 직접적으로 실행한 것과 동일하다.
텍스트 vs. 텍스트가 아닌 것 아무거나
종종 마이크로소프트 워드 혹은 리브르오피스 Writer 프로그램을 “텍스트 편집기”라고 부른다.
하지만, 프로그래밍을 할때 조금더 주의를 기울일 필요가 있다.
기본 디폴트로, 마이크로소프트 워드는 .docx 파일을 사용해서 텍스트를 저장할 뿐만 아니라,
글꼴, 제목, 등등의 서식 정보도 함께 저장한다.
이런 추가 정보는 문자로 저장되지 않아서, head 같은 도구에게는 무의미하다:
head 같은 도구는 입력 파일에 문자, 숫자, 표준 컴퓨터 키보드 특수문자만이 포함되어 있는 것을 예상한다.
따라서, 프로그램을 편집할 때, 일반 텍스트 편집기를 사용하거나,
혹은 일반 텍스트로 파일을 저장하도록 주의한다.
만약 임의 파일의 행을 선택하고자 한다면 어떨까요?
파일명을 바꾸기 위해서 매번 middle.sh을 편집할 수 있지만,
단순히 명령어를 다시 타이핑하는 것보다 아마 시간이 더 걸릴 것이다.
대신에 middle.sh을 편집해서 좀더 다양한 기능을 제공하도록 만들어보자:
$ nano middle.sh나노 편집기로 octane.pdb을 $1으로 불리는 특수 변수로 변경하자:
head -n 15 "$1" | tail -n 5쉘 스크립트 내부에서, $1은 “명령라인의 첫 파일 이름(혹은 다른 인자)”을 의미한다.
이제 스크립트를 다음과 같이 바꿔 실행해 보자:
$ bash middle.sh octane.pdb
ATOM 9 H 1 -4.502 0.681 0.785 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 -5.254 -0.243 -0.537 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -4.357 1.252 -0.895 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -3.009 -0.741 -1.467 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -3.172 -1.337 0.206 1.00 0.00혹은 다음과 같이 다른 파일에 대해 스크립트 프로그램을 실행해 보자:
$ bash middle.sh pentane.pdb
ATOM 9 H 1 1.324 0.350 -1.332 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 1.271 1.378 0.122 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -0.074 -0.384 1.288 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -0.048 -1.362 -0.205 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -1.183 0.500 -1.412 1.00 0.00인자 주위를 이중 인용부호로 감싸기
파일명에 공백이 포함된 경우 루프 변수 내부에 이중 인용부호로 감싼 것과 동일한 사유로,
파일명에 공백이 포함된 경우 이중 인용부호로 $1을 감싼다.
하지만, 매번 줄 범위를 조정할 때마다 여전히 middle.sh 파일을 편집할 필요가 있다.
이 문제를 특수 변수 $2 와 $3 을 사용해서 고쳐보자: head, tail 명령어에
해당 줄수를 출력하도록 인자로 넘긴다.
$ nano middle.shhead -n "$2" "$1" | tail -n "$3"이제 다음을 실행시킨다:
$ bash middle.sh pentane.pdb 15 5
ATOM 9 H 1 1.324 0.350 -1.332 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 1.271 1.378 0.122 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -0.074 -0.384 1.288 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -0.048 -1.362 -0.205 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -1.183 0.500 -1.412 1.00 0.00명령문의 인자를 변경함으로써 스크립트 동작을 바꿀 수 있게 된다:
$ bash middle.sh pentane.pdb 20 5
ATOM 14 H 1 -1.259 1.420 0.112 1.00 0.00
ATOM 15 H 1 -2.608 -0.407 1.130 1.00 0.00
ATOM 16 H 1 -2.540 -1.303 -0.404 1.00 0.00
ATOM 17 H 1 -3.393 0.254 -0.321 1.00 0.00
TER 18 1제대로 동작하지만,
middle.sh 쉘스크립트를 읽는 다른 사람은 잠시 시간을 들여,
스크립트가 무엇을 수행하는지 알아내야 할지 모른다.
스크립트를 상단에 주석(comments)을 추가해서 좀더 낫게 만들 수 있다:
$ nano middle.sh# Select lines from the middle of a file.
# Usage: bash middle.sh filename end_line num_lines
head -n "$2" "$1" | tail -n "$3"주석은 #문자로 시작하고 해당 행 끝까지 주석으로 처리된다.
컴퓨터는 주석을 무시하지만,
사람들이(미래의 본인 자신도 포함) 스크립트를 이해하고 사용하는데 정말 귀중한 존재다.
유일한 단점은 스크립트를 변경할 때마다, 주석이 여전히 유효한지 확인해야 된다는 점이다:
잘못된 방향으로 독자를 오도하게 만드는 설명은 아무것도 없는 것보다 더 나쁘다.
만약 많은 파일을 단 하나 파이프라인으로 처리하고자 한다면 어떨까?
예를 들어, .pdb 파일을 길이 순으로 정렬하려면, 다음과 같이 타이핑한다:
$ wc -l *.pdb | sort -nwc -l은 파일에 행갯수를 출력하고(wc는 ’word count’로 -l 플래그를 추가하면 ’count lines’의미가 됨을 상기한다),
sort -n은 숫자순으로 파일의 행갯수를 정렬한다.
파일에 담을 수 있지만, 현재 디렉토리에 .pdb 파일만을 정렬한다.
다른 유형의 파일에 대한 정렬된 목록을 얻으려고 한다면,
스크립트에 이 모든 파일명을 얻는 방법이 필요하다.
$1, $2 등등은 사용할 수 없는데,
이유는 얼마나 많은 파일이 있는지를 예단할 수 없기 때문이다.
대신에, 특수 변수 $@을 사용한다.
$@은 “쉘 스크립트 모든 명령-라인 인자”를 의미한다.
공백을 포함한 매개변수를 처리하려면 이중 인용부호로 $@을 감싸두어야 된다.
("$@"은 "$1" "$2" … 와 동치다).
예제가 다음에 있다:
$ nano sorted.sh# Sort filenames by their length.
# Usage: bash sorted.sh one_or_more_filenames
wc -l "$@" | sort -n실행방법과 실행결과는 다음과 같다.
$ bash sorted.sh *.pdb ../creatures/*.dat
9 methane.pdb
12 ethane.pdb
15 propane.pdb
20 cubane.pdb
21 pentane.pdb
30 octane.pdb
163 ../creatures/basilisk.dat
163 ../creatures/unicorn.dat유일무이한 개체 목록으로 나열 정훈이는 데이터 파일 수백개를 갖고 있는데, 각각은 다음과 같은 형식을 가지고 있다:
2013-11-05,deer,5
2013-11-05,rabbit,22
2013-11-05,raccoon,7
2013-11-06,rabbit,19
2013-11-06,deer,2
2013-11-06,fox,1
2013-11-07,rabbit,18
2013-11-07,bear,1data-shell/data/animal-counts/animals.txt 파일을 대상으로 예제를 작성한다.
임의 파일이름을 명령-라인 인자로 갖는 species.sh 이름의 쉘 스크립트를 작성하라.
cut, sort, uniq를 사용해서 각각의 파일별로 나오는 유일무이한 개체에 대한 목록을 화면에 출력하세요.
해답
# csv 파일에 유일무이한 개체를 찾는 스크립트로 개체는 두번째 데이터 필드가 된다. # 스크립트는 명령라인 인자로 모든 파일명을 인자로 받는다. # 모든 파일에 대해 루프를 돌려 반복한다.for file in $@ do echo “Unique species in $file:” # 개체명을 추출한다. cut -d , -f 2 $file | sort | uniq done ```
왜 쉘 스크립트가 어떤 작업도 수행하지 않을까?
스크립트가 아주 많은 파일을 처리하고 했지만, 어떠한 파일 이름도 부여하지 않는다면 무슨 일이 발생할까? 예를 들어, 만약 다음과 같이 타이핑한다면 어떻게 될까요?:
$ bash sorted.sh하지만 *.dat (혹은 다른 어떤 것)를 타이핑하지 않는다면 어떨까요?
이 경우 $@은 아무 것도 전개하지 않아서, 스크립트 내부의 파이프라인은 사실상 다음과 같다:
$ wc -l | sort -n어떠한 파일이름도 주지 않아서, wc은 표준 입력을 처리하려 한다고 가정한다.
그래서, 단지 앉아서 사용자가 인터랙티브하게 어떤 데이터를 전달해주길 대기하고만 있게 된다.
하지만, 밖에서 보면 사용자에게 보이는 것은 스크립트가 거기 앉아서 정지한 것처럼 보인다:
스크립트가 아무 일도 수행하지 않는 것처럼 보인다.
유용한 무언가를 수행하는 일련의 명령어를 방금 실행했다고 가정하자 — 예를 들어, 논문에 사용될 그래프를 스크립트가 생성. 필요하면 나중에 그래프를 다시 생성할 필요가 있어서, 파일에 명령어를 저장하고자 한다. 명령문을 다시 타이핑(그리고 잠재적으로 잘못 타이핑할 수도 있다)하는 대신에, 다음과 같이 할 수도 있다:
$ history | tail -n 5 > redo-figure-3.shredo-figure-3.sh 파일은 이제 다음을 담고 있다:
297 bash goostats NENE01729B.txt stats-NENE01729B.txt
298 bash goodiff stats-NENE01729B.txt /data/validated/01729.txt > 01729-differences.txt
299 cut -d ',' -f 2-3 01729-differences.txt > 01729-time-series.txt
300 ygraph --format scatter --color bw --borders none 01729-time-series.txt figure-3.png
301 history | tail -n 5 > redo-figure-3.sh명령어의 일련 번호를 제거하고, history 명령어를 포함한 마지막 행을 지우는 작업을
편집기에서 한동안 작업한 후에,
그림을 어떻게 생성시켰는지에 관한 정말 정확한 기록을 갖게 되었다.
왜 명령어를 실행하기 전에 history에 명령어를 기록할까?
다음 명령어를 실행시키게 되면:
$ history | tail -n 5 > recent.sh파일에 마지막 명령어는 history 명령 그자체다; 즉
쉘이 실제로 명령어를 실행하기 전에 명령 로그에 먼저 history를 추가했다.
실제로 항상 쉘은 명령어를 실행시키기 전에 로그에 명령어를 기록한다.
왜 이런 동작을 쉘이 한다고 생각하는가?
해답 만약 명령어가 죽던가 멈추게 되면, 어떤 명령어에서 문제가 발생했는지 파악하는 것이 유용할 수 있다. 명령어가 실행된 후에 기록하게 되면, 크래쉬(crash)가 발생된 마지막 명령어에 대한 기록이 없게 된다.
실무에서, 대부분의 사람들은 쉘 프롬프트에서 몇번 명령어를 실행해서 올바르게 수행되는지를 확인한 다음,
재사용을 위해 파일에 저장한다.
이런 유형의 작업은 데이터와 작업흐름(workflow)에서 발견한 것을
history를 호출해서 재사용할 수 있게 하고,
출력을 깔끔하게 하기 위해 약간의 편집을 하고 나서,
쉘 스크립트로 저장하는 흐름을 탄다.
6.1 Nelle 파이프라인: 스크립트 생성하기
Nelle의 지도교수는 모든 분석결과가 재현가능해야 된다는 고집을 갖고 있다. 모든 분석 단계를 담아내는 가장 쉬운 방법은 스크립트에 있다. 편집기를 열어서 다음과 같이 작성한다:
# 데이터 파일별로 통계량 계산.
for datafile in "$@"
do
echo $datafile
bash goostats $datafile stats-$datafile
donedo-stats.sh 이름으로된 파일에 저장해서,
다음과 같이 타이핑해서 첫번째 단계 분석을 다시 실행할 수 있게 되었다:
$ bash do-stats.sh NENE*[AB].txt또한 다음과 같이도 할 수 있다:
$ bash do-stats.sh NENE*[AB].txt | wc -l그렇게 해서 출력은 처리된 파일 이름이 아니라 처리된 파일의 숫자만 출력된다.
Nelle의 스크립트에서 주목할 한가지는 스크립트를 실행하는 사람이 무슨 파일을 처리할지를 결정하게 하는 것이다. 스크립트를 다음과 같이 작성할 수 있다:
# Site A, Site B 데이터 파일에 대한 통계량 계산
for datafile in NENE*[AB].txt
do
echo $datafile
bash goostats $datafile stats-$datafile
done장점은 이 스크립트는 항상 올바른 파일만을 선택한다: ‘Z’파일을 제거했는지 기억할 필요가 없다.
단점은 항상 이 파일만을 선택한다는 것이다 —
모든 파일(’Z’를 포함하는 파일), 혹은 남극 동료가 생성한 ’G’, ‘H’ 파일에 대해서 스크립트를 편집하지 않고는 실행할 수 없다.
좀더 모험적이라면, 스크립트를 변경해서 명령-라인 매개변수를 검증해서 만약 어떠한 매개변수도 제공되지 않았다면 NENE*[AB].txt을 사용하도록
바꿀수도 있다.
물론, 이런 접근법은 유연성과 복잡성 사이에 서로 대립되는 요소 사이의 균형, 즉 트레이드오프(trade-off)를 야기한다.
쉘 스크립트의 변수
molecules 디렉토리에서, 다음 명령어를 포함하는 script.sh라는 쉘스크립트가 있다고 가정한다:
head -n $2 $1
tail -n $3 $1molecules 디렉토리에서 다음 명령어를 타이핑한다:
bash script.sh '*.pdb' 1 1다음 출력물 결과 중 어떤 결과가 나올 것으로 예상하나요?
1. molecules 디렉토리에 있는 *.pdb 확장자를 갖는 각 파일의 첫번줄과 마지막줄 사이 모든 줄을 출력.
2. molecules 디렉토리에 있는 *.pdb 확장자를 갖는 각 파일의 첫번줄과 마지막 줄을 출력.
3. molecules 디렉토리에 있는 각 파일의 첫번째와 마지막 줄을 출력.
4. *.pdb 를 감싸는 인용부호로 오류가 발생.
해답 정답은 2.
특수 변수 $1, $2, $3은 스크립트에 명령라인 인수를 나타낸다. 따라서 실행되는 명령어는 다음과 같다:
$ head -n 1 cubane.pdb ethane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb $ tail -n 1 cubane.pdb ethane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb인용부호로 감싸져서 쉘이
'*.pdb'을 명령라인에서 확장하지 않는다. 이를 테면, 스크립트의 첫번째 인자는'*.pdb'으로 전달되어 스크립트 내부에서 확장되어head와tail명령어를 실행시키게 된다.
주어진 확장자 내에서 가장 긴 파일을 찾아낸다
인자로 디렉토리 이름과 파일이름 확장자를 갖는 longest.sh이름의 쉘 스크립트를 작성해서,
그 디렉토리에서 해당 확장자를 가지는 파일 중에 가장 긴 줄을 가진 파일이름을 화면에 출력하세요.
예를 들어, 다음은
$ bash longest.sh /tmp/data pdb/tmp/data 디렉토리에 .pdb 확장자를 가진 파일 중에 가장 긴 줄을 가진 파일이름을 화면에 출력한다.
해답
# 쉘 스크립트는 다음 두 인자를 갖는다: # 1. 디렉토리명 # 2. 파일 확장자 # 해당 디렉토리에서 파일 확장자와 매칭되는 가장 길이가 긴 파일명을 출력한다. wc -l $1/*.$2 | sort -n | tail -n 2 | head -n 1
스크립트 독해 능력
이번 문제에 대해, 다시 한번 data-shell/molecules 디렉토리에 있다고 가정한다.
지금까지 생성한 파일에 추가해서 디렉토리에는 .pdb 파일이 많다.
만약 다음 행을 담고 있는 스크립트로 bash example.sh *.dat을 실행할 때,
example.sh 이름의 스크립트가 무엇을 수행하는지 설명하세요:
# 스크립트 1
echo *.*# 스크립트 2
for filename in $1 $2 $3
do
cat $filename
done# 스크립트 3
echo $@.pdb해답 스크립트 1은 파일명에 구두점(
.)이 포함된 모든 파일을 출력한다.스크립트 2는 파일 확장자가 매칭되는 첫 3 파일의 내용을 화면에 출력시킨다. 쉘이 인자를
example.sh스크립트에 전달하기 전에 와일드카드를 확장시킨다.스크립트 3은
.pdb로 끝나는 스크립트의 모든 인자(즉, 모든.pdb파일)를 화면에 출력시킨다.cubane.pdb ethane.pdb methane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb.pdb
스크립트 디버깅
Nelle 컴퓨터 north-pacific-gyre/2012-07-03 디렉토리의
do-errors.sh 파일에 다음과 같은 스크립트가 저장되었다고 가정하자.
# Calculate stats for data files.
for datafile in "$@"
do
echo $datfile
bash goostats $datafile stats-$datafile
done다음을 실행하게 되면:
$ bash do-errors.sh NENE*[AB].txt출력결과는 아무 것도 없다.
원인을 파악하고자 -x 선택옵션을 사용해서 스크립트를 재실행시킨다:
bash -x do-errors.sh NENE*[AB].txt보여지는 출력결과는 무엇인가?
몇번째 행에서 오류가 발생했는가?
> 해답
> -x 플래그를 사용하면 디버그 모드에서 bash를 실행시키게 된다.
> 각 명령어를 행단위로 실행시키고 출력결과를 보여주는데, 오류를 특정하는데 도움이 된다.
> 이번 예제에서 echo 명령어는 아무 것도 출력하지 않는 것을 볼 수 있다.
> 루프 변수명의 철자가 잘못 타이핑 되어 있다.
> datfile 변수가 존재하지 않아서 빈 문자열이 반환되었다.