6 쉘 스크립트
마침내 쉘을 그토록 강력한 프로그래밍 환경으로 탈바꾼할 준비가 되었다. 자주 반복적으로 사용되는 명령어들을 파일에 저장시키고 나서, 단 하나의 명령어를 타이핑함으써 나중에 이 모든 연산 작업작업을 다시 재실행할 수 있다. 역사적 이유로 파일에 저장된 명령어 꾸러미를 통상 쉘 스크립트(shell script)라고 부르지만, 실수로 그렇게 부르는 것은 아니다. 실제로 작은 프로그램이다.
쉘 스크립트를 작성하면 작업 속도가 빨라질 뿐만 아니라 같은 명령을 반복해서 다시 입력할 필요가 없다. 또한 더 정확하고(오타가 발생할 가능성이 적고) 재현성이 높아진다. 나중에 다시 작업할 때(또는 다른 사람이 내 작업을 기반으로 작업하려는 경우) 모든 명령어를 기억하거나 다시 재입력할 필요 없이 스크립트를 실행하는 것만으로도 동일한 결과를 재현할 수 있다.
6.1 쉘 스크립트 편집
alkanes/ 디렉토리로 돌아가서 middle.sh 파일에 다음 행을 추가하게 되면 쉘스크립트가 된다:
$ cd alkanes
$ nano middle.shnano middle.sh 명령어는 middle.sh 파일을 텍스트 편집기 “nano”로 열게 한다. (편집기 프로그램은 쉘 내부에서 실행된다.) middle.sh 파일이 존재하지 않는 경우, middle.sh 파일을 생성시킨다. 텍스트 편집기를 사용해서 직접 파일을 편집한다 – 단순히 다음 행을 삽입시킨다:
head -n 15 octane.pdb | tail -n 5앞서 작성한 파이프를 일부 변경한 것이다: octane.pdb 파일에서 11-15 행을 선택한다. 기억할 것은 명령어로서 실행하지 않고, 명령어를 파일에 적어 넣는다는 것이다.
그리고 나서 nano 편집기에서 Ctrl-O를 눌러 파일을 저장하고, nano 편집기에서 Ctrl-X를 눌러 텍스트 편집기를 빠져나온다. alkanes 디렉토리에 middle.sh 파일이 포함되어 있는지 확인한다.
파일을 저장하면, 쉘로 하여금 파일에 담긴 명령어를 실행하도록 한다. 지금 쉘은 bash라서, 다음과 같이 다음 명령어를 실행시킨다:
$ bash middle.sh
ATOM 9 H 1 -4.502 0.681 0.785 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 -5.254 -0.243 -0.537 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -4.357 1.252 -0.895 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -3.009 -0.741 -1.467 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -3.172 -1.337 0.206 1.00 0.00아니나 다를까, 스크립트의 출력은 정확하게 파이프라인을 직접적으로 실행한 것과 동일하다.
종종 마이크로소프트 워드 혹은 리브레오피스 Writer 프로그램을 “텍스트 편집기”라고 부른다. 하지만, 프로그래밍을 할때 조금더 주의를 기울일 필요가 있다. 기본 디폴트로, 마이크로소프트 워드는 .docx 파일을 사용해서 텍스트를 저장할 뿐만 아니라, 글꼴, 제목, 등등의 서식 정보도 함께 저장한다.
이런 추가 정보는 문자로 저장되지 않아서, head 같은 도구에게는 무의미하다: head 같은 도구는 입력 파일에 문자, 숫자, 표준 컴퓨터 키보드 특수문자만이 포함되어 있는 것을 가정한다. 따라서, 프로그램을 편집할 때, 일반 텍스트 편집기를 사용하거나, 혹은 일반 텍스트로 파일을 저장하도록 주의한다.
6.2 변수와 주석
만약 임의 파일의 행을 선택하고자 한다면 어떻게 할까? 파일명을 바꾸기 위해서 매번 middle.sh을 편집할 수 있지만, 단순히 명령어를 다시 타이핑하는 것보다 아마 시간이 더 걸릴 것이다. 대신에 middle.sh을 편집해서 좀더 다양한 기능을 제공하도록 만들어보자:
$ nano middle.shnano 편집기로 octane.pdb을 $1으로 불리는 특수 변수로 변경하자:
head -n 15 "$1" | tail -n 5쉘 스크립트 내부에서, $1은 “명령라인의 첫 파일 이름(혹은 다른 인자)”을 의미한다. 이제 스크립트를 다음과 같이 바꿔 실행해 보자:
$ bash middle.sh octane.pdb
ATOM 9 H 1 -4.502 0.681 0.785 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 -5.254 -0.243 -0.537 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -4.357 1.252 -0.895 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -3.009 -0.741 -1.467 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -3.172 -1.337 0.206 1.00 0.00혹은 다음과 같이 다른 파일에 대해 스크립트 프로그램을 실행해 보자:
$ bash middle.sh pentane.pdb
ATOM 9 H 1 1.324 0.350 -1.332 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 1.271 1.378 0.122 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -0.074 -0.384 1.288 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -0.048 -1.362 -0.205 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -1.183 0.500 -1.412 1.00 0.00파일명에 공백이 포함된 경우 루프 변수 내부에 이중 인용부호로 감싼 것과 동일한 사유로, 파일명에 공백이 포함된 경우 이중 인용부호로 $1을 감싼다.
하지만, 매번 줄 범위를 조정할 때마다 여전히 middle.sh 파일을 편집할 필요가 있다.
대신 명령 인자(argument)를 3개 사용하도록 스크립트를 구성하여 이 문제를 해결해본다. 첫 번째 명령줄 인자($1) 이후 제공되는 각 추가 인자는 각각 첫 번째, 두 번째, 세 번째 명령 인자를 지칭하는 특수 변수명 $1, $2, $3 으로 접근할 수 있다.
특수 변수 $2 와 $3 을 사용해서 고쳐보자: head, tail 명령어에 해당 줄수를 출력하도록 인자로 넘긴다.
$ nano middle.shhead -n "$2" "$1" | tail -n "$3"이제 다음을 실행시킨다:
$ bash middle.sh pentane.pdb 15 5
ATOM 9 H 1 1.324 0.350 -1.332 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 1.271 1.378 0.122 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -0.074 -0.384 1.288 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -0.048 -1.362 -0.205 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -1.183 0.500 -1.412 1.00 0.00명령문의 인자를 변경함으로써 스크립트 동작을 바꿀 수 있게 된다:
$ bash middle.sh pentane.pdb 20 5
ATOM 14 H 1 -1.259 1.420 0.112 1.00 0.00
ATOM 15 H 1 -2.608 -0.407 1.130 1.00 0.00
ATOM 16 H 1 -2.540 -1.303 -0.404 1.00 0.00
ATOM 17 H 1 -3.393 0.254 -0.321 1.00 0.00
TER 18 1제대로 동작하지만, middle.sh 쉘스크립트를 읽는 다른 사람은 잠시 시간을 들여, 스크립트가 어떤 작업을 수행하는지 해독해야 한다. 스크립트를 상단에 주석(comments)을 추가해서 이런 문제를 개선할 수 있다:
$ nano middle.sh# 파일 중간에서 행(라인)을 추출합니다.
# 사용법: bash middle.sh 파일명 마지막줄 라인수
head -n "$2" "$1" | tail -n "$3"주석은 #문자로 시작하고 해당 행 끝까지 주석으로 처리된다. 컴퓨터는 주석을 무시하지만, 사람들이(미래의 본인 자신도 포함) 스크립트를 이해하고 사용하는데 정말 귀중한 존재다. 유일한 단점은 스크립트를 변경할 때마다, 주석이 여전히 유효한지 확인해야 된다는 점이다: 잘못된 방향으로 독자를 이끌어가는 설명은 아무것도 없는 것보다 더 나쁘다.
만약 많은 파일을 단 하나 파이프라인으로 처리하고자 한다면 어떨까? 예를 들어, .pdb 파일을 길이 순으로 정렬하려면, 다음과 같이 타이핑한다:
$ wc -l *.pdb | sort -nwc -l은 파일에 행갯수를 출력하고(wc는 ’word count’로 -l 플래그를 추가하면 ’count lines’의미가 됨을 상기한다), sort -n은 숫자순으로 파일의 행갯수를 정렬한다. 파일에 담을 수 있지만, 현재 디렉토리에 .pdb 파일만을 정렬한다.
다른 유형의 파일에 대해서 정렬된 값을 얻으려면, 모든 이름을 스크립트로 가져올 방법이 필요하다. $1, $2 등등은 사용할 수 없는데, 이유는 얼마나 많은 파일이 있는지를 예단할 수 없기 때문이다. 대신에, 특수 변수 $@을 사용한다. $@은 “쉘 스크립트 모든 명령-라인 인자”를 의미한다. 공백을 포함한 매개변수를 처리하려면 이중 인용부호로 “$@”을 감싸줘야 한다. ($@은 $1 $2 … 와 동치다). 다음에 예제가 있다:
$ nano sorted.sh# 길이로 파일명을 정렬
# Usage: bash sorted.sh 파일명_1개_이상
wc -l "$@" | sort -n실행방법과 실행결과는 다음과 같다.
$ bash sorted.sh *.pdb ../creatures/*.dat
9 methane.pdb
12 ethane.pdb
15 propane.pdb
20 cubane.pdb
21 pentane.pdb
30 octane.pdb
163 ../creatures/basilisk.dat
163 ../creatures/minotaur.dat
163 ../creatures/unicorn.dat
596 total스크립트가 아주 많은 파일을 처리하고 했지만, 어떠한 파일 이름도 부여하지 않는다면 무슨 일이 발생할까? 예를 들어, 만약 다음과 같이 타이핑한다면 어떻게 될까요?:
$ bash sorted.sh하지만 *.dat (혹은 다른 어떤 것)를 타이핑하지 않는다면 어떨까요? 이 경우 $@은 아무 것도 전개하지 않아서, 스크립트 내부의 파이프라인은 사실상 다음과 같다:
$ wc -l | sort -n어떠한 파일이름도 주지 않아서, wc은 표준 입력을 처리하려 한다고 가정한다. 그래서, 쉘은 사용자가 인터랙티브하게 어떤 데이터를 전달해주길 대기하고만 있게 된다. 하지만, 밖에서 보면 사용자에게 보이는 것은 스크립트가 정지한 것처럼 보인다: 스크립트가 아무 일도 수행하지 않는 것처럼 보인다.
예제 6.1 (유일무이한 고유종 출력) 정훈이는 데이터 파일 수백개를 갖고 있는데, 각각은 다음과 같은 형식을 가지고 있다:
2013-11-05,deer,5
2013-11-05,rabbit,22
2013-11-05,raccoon,7
2013-11-06,rabbit,19
2013-11-06,deer,2
2013-11-06,fox,1
2013-11-07,rabbit,18
2013-11-07,bear,1실습 파일로 shell-lesson-data/exercise-data/animal-counts/animals.csv 을 사용한다.
cut -d , -f 2 animals.csv | sort | uniq 명령을 사용하여 animals.csv에 있는 고유 종을 출력한다. 명령을 매번 입력하지 않기 위해, 과학자는 대신 쉘 스크립트를 작성한다.
파일이름명을 명령 인자로 갖는 species.sh 이름의 쉘 스크립트를 작성하라.
명령줄 인자로 파일명을 원하는 수만큼 사용하고, 앞에서 사용된 명령어 변형을 사용하여 각 파일에 담긴 고유종을 개별적으로 인쇄하는 species.sh라는 쉘 스크립트를 작성한다.
# csv 파일에 유일무이한 고유종을 찾는 스크립트로 고유종은 \
# 두번째 데이터 필드가 된다.
# 스크립트는 명령라인 인자로 모든 파일명을 인자로 받는다.
# 모든 파일에 대해 루프를 돌려 반복한다.
for file in $@
do
echo "$file 파일 고유종:"
# 개체명을 추출한다.
cut -d , -f 2 $file | sort | uniq
done6.3 재사용
유용한 무언가를 수행하는 일련의 명령어를 방금 실행했다고 가정하자 — 예를 들어, 논문에 사용될 그래프를 스크립트가 생성. 필요하면 나중에 그래프를 다시 생성할 필요가 있어서, 명령어를 파일에 저장하고자 한다. 명령문을 다시 타이핑(그리고 잠재적으로 잘못 타이핑할 수도 있다)하는 대신에, 다음과 같이 할 수도 있다:
$ history | tail -n 5 > redo-figure-3.shredo-figure-3.sh 파일은 이제 다음을 담고 있다:
297 bash goostats NENE01729B.txt stats-NENE01729B.txt
298 bash goodiff stats-NENE01729B.txt /data/validated/01729.txt > 01729-differences.txt
299 cut -d ',' -f 2-3 01729-differences.txt > 01729-time-series.txt
300 ygraph --format scatter --color bw --borders none 01729-time-series.txt figure-3.png
301 history | tail -n 5 > redo-figure-3.sh명령어의 일련 번호를 제거하고, history 명령어를 포함한 마지막 행을 지우는 작업을 편집기에서 한동안 작업한 후에, 그림을 어떻게 생성시켰는지에 관한 정말 정확한 기록을 갖게 되었다.
예제 6.2 (왜 명령어를 실행하기 전에 history에 명령어를 기록할까?) 다음 명령어를 실행시키게 되면:
$ history | tail -n 5 > recent.sh파일에 마지막 명령어는 history 명령 그 자체다. 즉 쉘이 실제로 명령어를 실행하기 전에 명령 로그에 먼저 history를 추가했다. 실제로 항상 쉘은 명령어를 실행시키기 전에 로그에 명령어를 기록한다. 왜 이런 동작을 쉘이 한다고 생각하는가?
만약 명령어가 죽던가 멈추게 되면, 어떤 명령어에서 문제가 발생했는지 파악하는 것이 유용할 수 있다. 명령어가 실행된 후에 기록하게 되면, 크래쉬(crash)가 발생된 마지막 명령어에 대한 기록이 없게 된다.
실무에서, 대부분의 사람들은 쉘 프롬프트에서 몇번 명령어를 실행해서 올바르게 수행되는지를 확인한 다음, 재사용을 위해 파일에 저장하는 방식으로 작업한다.
이런 유형의 작업은 데이터와 작업흐름(workflow)에서 발견한 것을 history를 호출해서 재사용하는 전형적인 형태다. 마지막으로, 깔끔한 마무리를 위해 약간의 편집작업을 추가하고 나서, 쉘 스크립트 파일에 저장하는 흐름을 탄다.
예제 6.3 (쉘 스크립트의 변수) alkanes 디렉토리에서, 다음 명령어를 포함하는 script.sh라는 쉘스크립트가 있다고 가정한다:
head -n $2 $1
tail -n $3 $1alkanes 디렉토리에서 다음 명령어를 타이핑한다:
bash script.sh '*.pdb' 1 1다음 출력물 결과 중 어떤 결과가 나올 것으로 예상하나요?
alkanes디렉토리에 있는*.pdb확장자를 갖는 각 파일의 첫번줄과 마지막줄 사이 모든 줄을 출력.alkanes디렉토리에 있는*.pdb확장자를 갖는 각 파일의 첫번줄과 마지막 줄을 출력.alkanes디렉토리에 있는 각 파일의 첫번째와 마지막 줄을 출력.*.pdb를 감싸는 인용부호로 오류가 발생.
정답은 2.
특수 변수 $1, $2, $3은 스크립트에 명령라인 인수를 나타낸다. 따라서 실행되는 명령어는 다음과 같다:
$ head -n 1 cubane.pdb ethane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb
$ tail -n 1 cubane.pdb ethane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb인용부호로 감싸져서 쉘이 '*.pdb'을 명령라인에서 확장하지 않는다. 이를 테면, 스크립트의 첫번째 인자는 '*.pdb'으로 전달되어 스크립트 내부에서 확장되어 head와 tail 명령어를 실행시키게 된다.
예제 6.4 (주어진 확장자 내에서 가장 긴 파일을 찾아낸다) 인자로 디렉토리 이름과 파일이름 확장자를 갖는 longest.sh이름의 쉘 스크립트를 작성해서, 그 디렉토리에서 해당 확장자를 가지는 파일 중에 가장 긴 줄을 가진 파일이름을 화면에 출력하세요. 예를 들어, 다음은
$ bash longest.sh shell-lesson-data/exercise-data/alkanes pdbshell-lesson-data/exercise-data/alkanes 디렉토리에 .pdb 확장자를 가진 파일 중에 가장 긴 줄을 가진 파일이름을 화면에 출력한다.
다른 디렉토리에서 스크립트를 자유롭게 시도해보자.
$ bash longest.sh shell-lesson-data/exercise-data/writing txt# 쉘 스크립트는 다음 두 인자를 갖는다:
# 1. 디렉토리명
# 2. 파일 확장자
# 해당 디렉토리에서 파일 확장자와 매칭되는 가장 길이가 긴 파일명을 출력한다.
wc -l $1/*.$2 | sort -n | tail -n 2 | head -n 1파이프라인 첫 번째 부분 wc -l $1/*.$2 | sort -n은 각 파일의 줄 수를 세어 숫자순으로 정렬합니다 (가장 큰 줄이 마지막). 파일이 두 개 이상인 경우, wc는 최종 요약도 출력하여 모든 파일에 대한 총 행수를 출력한다. tail -n 2 | head -n 1 명령어를 사용하여 마지막 줄을 삭제한다.
wc -l $1/*.$2 | sort -n | tail -n 1을 사용하면 최종 요약 줄도 표시된다. 파이프라인을 조각으로 쪼개보고, 출력을 통해 확실히 이해를 높일 수 있다.
예제 6.5 (스크립트 독해 능력) 이번 문제에 대해, 다시 한번 shell-lesson-data/exercise-data/alkanes 디렉토리에 있다고 가정한다. 지금까지 생성한 파일에 추가해서 디렉토리에는 .pdb 파일이 많다. 만약 다음 내용을 담고 있는 스크립트를 bash script1.sh *.pdb, bash script2.sh *.pdb, bash script3.sh *.pdb 명령어로 실행할 때, 다음 스크립트 3개가 무슨 작업을 수행하는지 설명하세요:
# 스크립트 1
echo *.*# 스크립트 2
for filename in $1 $2 $3
do
cat $filename
done# 스크립트 3
echo $@.pdb각각의 경우, 쉘은 실행할 파일명 목록을 스크립트에 인수로 전달하기 전에 *.pdb 확장자 와일드카드를 확장한다.
스크립트 1은 파일명에 구두점(.)이 포함된 모든 파일을 출력한다. 스크립트에 전달된 인자는 실제 스크립트의 어느 곳에서도 사용되지 않는다.
스크립트 2는 파일 확장자가 .pdb인 처음 3개의 파일 내용을 출력한다. $1, $2, $3은 각각 첫 번째, 두 번째, 세 번째 인자를 표기한다.
스크립트 3은 .pdb로 끝나는 스크립트의 모든 인자(즉, 모든 .pdb 파일)를 화면에 출력시킨다. $@은 쉘 스크립트에 주어진 모든 인자를 표기한다.
cubane.pdb ethane.pdb methane.pdb octane.pdb pentane.pdb propane.pdb.pdb예제 6.6 (스크립트 디버깅) 넬(Nelle) 박사 컴퓨터 north-pacific-gyre 디렉토리의 do-errors.sh 파일에 다음과 같은 스크립트가 저장되었다고 가정하자.
# 데이터 파일별로 통계량 계산
for datafile in "$@"
do
echo $datfile
bash goostats $datafile stats-$datafile
donenorth-pacific-gyre 디렉토리에서 다음을 실행하게 되면:
$ bash do-errors.sh NENE*A.txt NENE*B.txt # $ bash do-errors.sh NENE*[AB].txt출력결과는 아무 것도 없다. 원인을 파악하고자 -x 선택옵션을 사용해서 스크립트를 재실행시킨다:
$ bash -x do-errors.sh NENE*A.txt NENE*B.txt보여지는 출력결과는 무엇인가? 몇번째 행에서 오류가 발생했는가?
-x 플래그를 사용하면 디버그 모드에서 bash를 실행시키게 된다. 각 명령어를 행단위로 실행시키고 출력결과를 보여주는데, 오류를 특정하는데 도움이 된다. 이번 예제에서 echo 명령어는 아무 것도 출력하지 않는 것을 볼 수 있다. 루프 변수명의 철자가 잘못 타이핑 되어 있다. datfile 변수가 존재하지 않아서 빈 문자열이 반환되었다.
6.4 사례: 스크립트 생성하기
넬(Nelle) 박사의 지도교수는 모든 분석결과가 재현가능해야 된다는 고집을 갖고 있다. 모든 분석 단계를 담아내는 가장 쉬운 방법은 스크립트에 있다.
먼저, 넬 박사 프로젝트 디렉토리로 이동한다:
$ cd ../../north-pacific-gyre/nano를 사용해서 파일을 생성한다.
$ nano do-stats.sh편집기를 열어서 다음과 같이 작성한다:
# 데이터 파일별로 통계량 계산.
for datafile in "$@"
do
echo $datafile
bash goostats.sh $datafile stats-$datafile
donedo-stats.sh 이름으로 파일에 저장해서, 다음과 같이 타이핑해서 첫번째 단계 분석을 다시 실행할 수 있게 되었다:
$ bash do-stats.sh NENE*[AB].txt또한 다음과 같이도 할 수 있다:
$ bash do-stats.sh NENE*[AB].txt | wc -l그렇게 해서 출력은 처리된 파일 이름이 아니라 처리된 파일의 숫자만 출력된다.
넬 박사 스크립트에서 주목할 한가지는 스크립트를 실행하는 사람이 무슨 파일을 처리할지를 결정하게 한다는 점이다. 스크립트를 다음과 같이 작성할 수 있다:
# Site A, Site B 데이터 파일에 대한 통계량 계산
for datafile in NENE*[AB].txt
do
echo $datafile
bash goostats $datafile stats-$datafile
done장점은 이 스크립트는 항상 올바른 파일만을 선택한다: ‘Z’파일을 제거했는지 기억할 필요가 없다. 단점은 항상 이 파일만을 선택한다는 것이다 — 모든 파일(’Z’를 포함하는 파일), 혹은 남극 동료가 생성한 ’G’, ‘H’ 파일에 대해서 스크립트를 편집하지 않고는 실행할 수 없다. 좀더 모험적이라면, 스크립트를 변경해서 명령-라인 매개변수를 검증해서 만약 어떠한 매개변수도 제공되지 않았다면 NENE*A.txt, NENE*B.txt을 줄여서 NENE*[AB].txt 사용하도록 바꿀 수도 있다. 물론, 이런 접근법은 유연성과 복잡성 사이에 서로 대립되는 요소 사이의 균형, 즉 트레이드오프(trade-off)를 야기한다.
#!/bin/bash
# middle.sh: 파일의 특정 범위의 줄들을 출력하는 스크립트
# 사용방법: bash middle.sh filename end_line num_lines
# $1은 첫 번째 인자 (파일 이름)
# $2는 두 번째 인자 (끝 줄 번호)
# $3는 세 번째 인자 (출력할 줄의 수)
head -n "$2" "$1" | tail -n "$3"*.pdb 모든 파일에서 11-15행 추출
shell-lesson-data/exercise-data/alkanes 다양한 단백질 정보가 담긴 .pdb 모든 파일에서 11-15행을 추출하는 쉘스크립트를 작성한다. 수차례 시도를 통해서 다음과 같이 프롬프트를 작성하게 되면 디렉토리 이동, 쉘 스크립트 작성, middle.sh 저장, 쉘스크립트 실행권한 부여, 쉘 스크립트 실행까지 일사천리로 진행된다.
프롬프트: shell-lesson-data/exercise-data/alkanes 디렉토리로 이동한 후 echo 명령어로 확장자가 for 문을 이용하여 확장자가 .pdb인 모든 파일에서 head와 tail 명령어를 조합하여 11-15 행만 출력하는 쉘스크립트를 작성하고 middle.sh 파일명으로 쉘 스크립트 코드를 저장한다. 그리고 나서 middle.sh 쉘스크립트를 실행한다.
$ sgpt -s "shell-lesson-data/exercise-data/alkanes 디렉토리로 이동한 후 echo 명령어로 확장자가 for 문을 이용하여 확장자가 .pdb인 모든 파일에서 head와 tail 명령어를 조합하여 11-15 행만 출력하는 쉘스크립트를 작성하고 middle.sh 파일명으로 쉘 스크립트 코드를 저장한다. 그리고 나서 middle.sh 쉘스크립트를 실행한다."
cd shell-lesson-data/exercise-data/alkanes && echo 'for file in *.pdb; do head -n 15 $file | tail -n 5; done' > middle.sh && chmod +x middle.sh && ./middle.sh
[E]xecute, [D]escribe, [A]bort: D
This command changes the directory to "shell-lesson-data/exercise-data/alkanes", creates a shell script file called "middle.sh" that prints the middle 5 lines of each ".pdb" file in the directory, makes the script executable, and then executes the script.
[E]xecute, [D]escribe, [A]bort: E
ATOM 9 H 1 1.410 -1.631 0.942 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 -0.262 -2.112 -1.024 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -2.224 -0.925 0.328 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -0.468 -0.501 2.315 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 2.224 0.892 -0.134 1.00 0.00
ATOM 6 H 1 1.158 -0.991 -0.070 1.00 0.00
ATOM 7 H 1 0.924 0.249 1.188 1.00 0.00
ATOM 8 H 1 1.240 0.737 -0.496 1.00 0.00
TER 9 1
END
ATOM 3 H 1 0.771 -0.727 0.890 1.00 0.00
ATOM 4 H 1 0.771 -0.727 -0.890 1.00 0.00
ATOM 5 H 1 -0.771 -0.727 0.000 1.00 0.00
TER 6 1
END
ATOM 9 H 1 -4.502 0.681 0.785 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 -5.254 -0.243 -0.537 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -4.357 1.252 -0.895 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -3.009 -0.741 -1.467 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -3.172 -1.337 0.206 1.00 0.00
ATOM 9 H 1 1.324 0.350 -1.332 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 1.271 1.378 0.122 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -0.074 -0.384 1.288 1.00 0.00
ATOM 12 H 1 -0.048 -1.362 -0.205 1.00 0.00
ATOM 13 H 1 -1.183 0.500 -1.412 1.00 0.00
ATOM 9 H 1 -0.914 0.551 -1.359 1.00 0.00
ATOM 10 H 1 -1.396 1.211 0.219 1.00 0.00
ATOM 11 H 1 -2.058 -0.345 -0.332 1.00 0.00
TER 12 1
END
$ cat shell-lesson-data/exercise-data/alkanes/middle.sh
for file in *.pdb; do head -n 15 $file | tail -n 5; done챗GPT가 프롬프트로 작성한 유닉스 쉘 명령어를 해석하면 다음과 같다.
디렉터리를 “shell-lesson-data/exercise-data/alkanes”로 변경하고, 디렉터리에 있는 각 “.pdb” 파일의 중간 5줄을 인쇄하는 “middle.sh”라는 쉘 스크립트 파일을 생성하고, 스크립트를 실행 가능한 상태로 만든 다음, 스크립트를 실행한다.
실행결과와 함께 cat 명령어로 챗GPT가 작성한 middle.sh 쉘 스크립트 코드도 확인된다. 줄바꿈 대신 ;을 사용하여 코드를 한줄로 작성한 것이 인상적이다.